種籽的自然領域程結構
種籽周遭許多自然環境是種籽得天獨厚的資源，一定要好好利用，這些資源分別是：
溪流，包括溪水（物理性質、化學性質）、生物（魚、蝦、蝌蚪、青蛙、水棲昆蟲）、岩石（岩性、硬度、斷層、解理、化石）、沉積物（侵蝕vs堆積、顆粒大小、磨圓度、覆瓦狀排列）
植物，包括蕨類（信賢是賞蕨的重要據點）、水生植物（生態池幾乎都是台灣瀕臨絕種的原生植物）、具四季變化的各種草本、木本及藤本植物
動物，包括鳥類（烏來信賢是賞鳥的經典路線，溪邊的鉛色水鶇、河烏、翠鳥，學校附近的台灣藍鵲、烏鴉、大冠鷲、紅嘴黑鵯、小卷尾、小彎嘴畫眉、繡眼畫眉、綠畫眉、冬天常見的紅山椒、賞鳥界的夢幻鳥－朱鸝）、兩棲類（生態池目前有台北樹蛙、日本樹蛙、面天樹蛙、褐樹蛙、白頜樹蛙、拉都希氏赤蛙、古氏赤蛙、梭德氏赤蛙、腹斑蛙、長腳赤蛙、澤蛙、盤古蟾蜍，自然步道還有斯文豪氏赤蛙與翡翠樹蛙）、爬蟲類（種籽常見的蜥蜴：麗紋石龍子、台灣草蜥、黃口攀蜥；種籽常見的蛇：紅斑蛇、過山刀、赤尾青竹絲、台灣盾頭蛇、紅竹蛇、龜殼花、雨傘節）、昆蟲類（種籽昆蟲不計其數，列舉幾種保育類好了：長吻白臘蟬、長臂金龜、彩虹叩頭蟲、無霸勾蜓、台灣大鍬形蟲）
如果種籽的自然教學沒有融入這些特色，與在都市中辦學無異，簡直就是入寶山卻空手而回！
在自然低中高課程的設計中，除了要利用種籽週遭豐富的自然資源，還希望能與自然時序結合，以下是配合季節月份自然教師觀察到最具代表性的動、植物。
在植物方面：二月是從烏來盛開到福山的櫻花。三月是嫩葉與花朵齊開的青楓（黃綠色小花）和楓香（叢狀的雄花與毛毛的雌花）。四月種籽花圃的孤挺花、杜鵑與番茉莉以及自然步道和生態池結實累累的桑甚。五月六月相繼出場的是：白色的油桐花、黃色的相思樹花與粉紅色的酸藤花，如果雨水夠，還有好吃的桂竹筍。九月，大樹屋的龍眼可以開始採收。十月整個學校都沐浴在桂花的香味中。十一月，小樹屋旁的大頭茶開著白底黃心的花朵。十二月天氣變冷，青楓葉變紅，楓香葉變黃。一月楓葉落盡。
在動物方面：二月台北樹蛙的蝌蚪從卵泡中游出。三月，小心不要踩到到處都是的盤古小蟾蜍。四月竹雞大叫雞狗乖，生態池許多蜻蜓羽化。五月，白天的竹林有環紋蝶、晚上有螢火蟲，爬蟲類也逐漸活躍。六月更多昆蟲相繼出場：鍬形蟲、獨角仙以及忙著挖洞捉螽斯的細腰蜂。九月，要注意虎頭蜂出沒。十月，紅圓翅鍬形蟲依然活躍。十一月，大型的螢火蟲－山窗螢成為晚上的主角。十二月天氣變冷，整群紅山椒（雄鳥紅色、雌鳥黃色）在娃娃谷留連。一月最熱鬧的莫過於台北樹蛙的求偶。
所以，如果要觀察昆蟲請在六月；如果要和台北樹蛙交朋友請等到一月；要知道楓香的刺刺果如何長出來的就要從三月開始觀察；要採桂竹筍就要期待梅雨的降臨。
當然，自然教學也不僅僅是認識生命世界、地球環境、生態保育，培養尊重生命、愛護環境的情操，同時也要具備科學研究的知能、善用科技與運用資訊的能力並能實踐於日常生活中。因此在自然科教學的課程設計中，還有包括實驗中、實驗高、電腦入門、數位世界、、、。以下介紹種籽自然課程的架構與各課程相互的關係：種籽的自然課是以自然一二.中.高及實驗中、高做為主軸再從橫向連結
A、以實用性及在地性為出發點，培養冒險精神、介紹自然環境以及如何與環境友善互動並學習各項技能的野外求生中.高。
B、認識電腦並利用電腦學習與工作的電腦入門及更高階的電腦課（本學期為數位攝影）。
C、最後再配合每學期一次的大旅行進行整合式教學。另外還有一些綜合課程（例如：烹飪課、單車課）；一些煙火性的課程（例如：玩創基地）一些隱性課程（單天的校外教學，例如：天文館、科教館、海生館）同樣也會充實自然學科的內容。
架構表如下：
低年級 |
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自然一二 |
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中年級 |
玩創基地 |
野外中 |
自然中 |
實驗中 |
電腦初階 |
高年級 |
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野外高 |
自然高 |
實驗高 |
數位攝影 |
大 旅 行 |
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